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解：（1）根据题意，F1雄性个体进行测交，F2雌、雄个体表现型比例都为1：1：1：1，说明两对基因位于两对常染色体上，且其遗传遵循基因的自由组合定律．因此，若让F1雌性个体进行测交，子代性状及分离比不会发生改变．

（2）子代中灰体（E）粉红眼个体的比例是，可以看成×．因此，这两只果蝇基因型是EeRr×Eerr．子代的基因型为1EERr、1EErr、2EeRr、2Eerr、1eeRr、1eerr．E和e的频率各为，R和r的频率分别为和．让F2自由交配，F3中灰粉红眼的比例（+×）×=．

（3）①该果蝇不同细胞的DNA进行过程甲所示过程时，由于不同组织细胞中基因进行选择性表达，所以启用的起始点不完全相同．

②某一基因发生突变，使乙中的mRNA链上箭头所指的UCG变为UAG，从基因表达水平角度解释，性状发生改变的原因是密码子UCG变为终止密码子UAG，翻译提前结束．

③甲所示过程发生的主要场所是细胞核．请在图乙中用箭头标出翻译的方向从左到右．

故答案为：

（1）基因自由组合    不会

（2）EeRr×Eerr      

（3）①不完全相同　不同组织细胞中基因进行选择性表达

②密码子UCG变为终止密码子UAG，翻译提前结束

③细胞核    从左到右

解：（1）由以上分析可知，第1组：无纹×无纹→无纹：有纹=3：1，出现性状分离，说明无纹为显性性状；第3组：绿色×绿色→绿色：黄色=2：1，出现性状分离，说明绿色为显性性状．

（2）由以上分析可知，第2组亲本中黄色无纹个体的基因型是aaBb，能产生两种基因型的配子，即aB、ab，而一个卵原细胞经过减数分裂只能形成1种卵细胞，因此亲本中黄色无纹个体的一个卵原细胞能够产生的配子基因型是aB或ab；由于减数第一次分裂后期，同源染色体的分离，因此处于减数第二次分裂的细胞中均不含同源染色体．

（3）第3组：绿色有纹（Aabb）×绿色有纹（Aabb）→AAbb：Aabb：aabb=1：2：1，即绿色：黄色=3：1，而实际杂交后代比例为2：1，最可能原因是A基因纯合致死；第二组杂交组合的基因型为aaBb×Aabb→AaBb、aaBb、Aabb、aabb，其中绿色无纹AaBb个体自由交配，F2的表现型及其比例应为绿色无纹：黄色无纹：绿色有纹：黄色有纹=6：3：2：1，其中绿色无纹（1AABB、2AABb）、绿色有纹（1AAbb）中A基因纯合而导致个体死亡．

故答案为：

（1）第3组   绿色   第1组   无纹

（2）aB或ab   0

（3）A基因纯合致死   绿色无纹：黄色无纹：绿色有纹：黄色有纹=6：3：2：1

解：（1）①根据两对基因的自由组合规律，若R、r基因位于常染色体上，T、t基因也位于常染色体上，TT个体胚胎致死，可知F2中后代表型，基因型和分离比为棕色鼠（R_Tt）：黑色鼠（rrTt）：灰色鼠（R_tt）：白色鼠（rrtt）=6：2：3：1（由于TT个体胚胎致死，棕色鼠中R_TT个体和黑色鼠rrTT个体胚胎时期死亡），由此可以推测F1中棕色鼠基因型为TtRr．

遗传图解为：

P：黑色鼠（♂）×灰色鼠（♀纯合子）→F1：棕色鼠（TtRr）：灰色鼠→F2：棕色鼠（R_Tt）：黑色鼠（rrTt）：灰色鼠（R_tt）：白色鼠（rrtt）=6：2：3：1，

由以上图解可知，亲本黑色鼠基因型为rrTt，灰色鼠为纯合子，基因型为RRtt，F1中灰色鼠的基因型为Rrtt．

②F2中灰色鼠占总数的，其中杂合子占总数的，即灰色鼠中杂合子所占的比例为．F2中一只棕色雌鼠正常减数分裂产生四种比例相等的配子，可以推测这只棕色雌鼠为双显性杂合子，基因型为RrTt，产生RT，Rt，rT，rt四种配子．

（2）若这对基因位于常染色体，则黑色鼠的基因型为rrTt，后代的性状和分离比为黑色鼠：白色鼠=2：1，其中基因型为rrTT的个体死亡，后代的性别比例可能为1：1，也可能不为1：1；若这对基因位于X、Y染色体的Ⅰ区段上，则亲本黑鼠的基因型可能为rrXTXt，rrXTYt，rrXtYT，亲本组合为rrXTXt×rrXTYt或是rrXTXt×rrXtYT，后代的性状和分离比如下：

a．第一种情况：P：rrXTXt×rrXTYt→rrXTXT（死亡）：黑色雌鼠（rrXTXt）：黑色雄鼠（rrXTYt）：白色雄鼠（rrXtYt ）=1：1：1，可以看F1中雌鼠：雄鼠=1：1，且黑色鼠：白色鼠都是2：1，说明与性别无关，则这对基因位于常染色体上．

b．第二种情况：P：rrXTXt×rrXtYT→黑色雌鼠（rrXTXt）：白色雌鼠（rrXtXt）：rrXTYT（死亡）：黑色雄鼠（rrXtYT）=1：1：1，可以看出F1中雌鼠：雄鼠≠1：1，且F1雌雄个体中的表现型不都是黑色鼠：白色鼠=2：1，说明该性状的遗传与性别相关联，则这对基因位于X、Y染色体的Ⅰ区段上．

故答案是：

（1）①rrTt    RRtt    Rrtt   ②    RrTt

（2）答案一：②性别比例

a．F1中雌鼠：雄鼠=1：1

b．F1中雌鼠：雄鼠≠1：1（或雌鼠：雄鼠=1：2，或雌鼠：雄鼠=2：1）

答案二：②雌雄个体中的表现型及比例

a．F1中雌雄个体中都是黑色鼠：白色鼠=2：1

b．F1中雌雄个体中的表现型不都是黑色鼠：白色鼠=2：1（或雌鼠均为黑色，雄鼠中黑色鼠：白色鼠=1：1，或雄鼠均为黑色，雌鼠中黑色鼠：白色鼠=1：1）